Hücre hatlarını oluşturmakta kullanılan plasmidlerin genomik lokasyonları?

Muzaffer Arıkan, Aris Çakiris, Zeliha Emrence, Atilla Çakar, Neslihan Abacı, Sema Sırma, Duran Üstek
506 577

Öz


Hücre hatlarını oluşturma yollarından biri, hücreleri DNA tümör virüsleri ile enfekte etmektir.  İmmortalizasyon işleminde kullanılan vektör DNA dizileri, genomik DNA'ya entegre halde bulunurlar. Bu çalışmada, söz konusu vektörlere ait DNA parçalarının binlerce pasaj sonrası durumları K562 hücre hattında sorgulanmıştır. Yapılan çalışmada, DNA parçalarını yakalama (sequence capture array) metodu ile yeni nesil dizileme teknolojisi birleştirilerek genoma entegrasyon bölgeleri tespit edilmiştir. K562 hücrelerinde, hücre soyunun immortalizasyonunda kullanılan viral DNA dizileri ile eşleşen 15540 fragman elde edilmiştir. Bu fragmanların %60'ının immortalizasyonda kullanıldığı bilinen Simian virus 40 T antijenine, %12'sinin pGNS-BAC klonlama vektörüne, %11'inin FBDki knock-in vektörüne, %11'inin pSTH1-GFP DNA klonlama vektörüne ve %6'sının insan herpes virüs 5 strain Toledo'ya, ait olduğu görülmüştür. Ayrıca, SV-40'ın 3q1.2 kromozomal bölgesindeki TBC genine entegre halde bulunduğu belirlenmiştir. Sonuç olarak, K562 hücre soyunun immortalizasyonunda kullanılan vektör profili çıkarılmış ve SV-40 T antijenin bu hücredeki entegrasyon bölgesi tespit edilmiştir.


Tam metin:

PDF